Choibalsan vốn được rèn luyện để trở thành một thầy tăng Lạt-ma giáo. Ông đã tiếp xúc với các nhà cách mạng Nga trong chuyến đi của mình đến Siberi. Ông đã sáng lập tổ chức cách mạng đầu tiên của mình vào năm 1919 và đến năm 1921 thì hợp nhất nó với lực lượng của Damdin Sükhbaatar để lập nên Đảng Nhân dân Cách mạng Mông Cổ. Sau khi quân cách mạng Mông Cổ cùng Hồng quân Liên Xô tiến vào Urga năm 1921 và thành lập một chính quyền thân Xô viết, Choibalsan trở thành Thứ trưởng Chiến tranh.

Trong những năm sau, Choibalsan có ảnh hưởng quan trọng trong việc lãnh đạo đất nước và đến khoảng năm 1940 ông đã trở thành người lãnh đạo tối cao. Ông đảm nhận cả hai vai trò là nguyên thủ quốc gia (Chủ tịch Đoàn Chủ tịch Tiểu Hural Quốc gia, 1929–1930) và đứng đầu chính phủ (Chủ tịch Hội đồng ủy viên Nhân dân, 1939–1952). Ông đôi khi được xếp quân hàm nguyên soái.

Choibalsan là một người theo các nguyên lý của lãnh đạo Xô viết Joseph Stalin và áp dụng chúng bằng nhiều cách khác nhau bao gồm trừ khử các đối thủ để giành quyền lực và đối xử cay nghiệt với các địa chủ. Choibalsan lên cầm quyền với sự hậu thuẫn của Liên Xô, kết quả của việc Stalin không hài lòng với lãnh đạo cộng sản Mông Cổ khi đó là Peljidiyn Genden, người đã bị đẩy ra khỏi quyền lực vào năm 1936. Choibalsan, một đồng minh thân thiết của Joseph Stalin, được đưa lên nắm quyền.